В народной медицине растение применяют как вяжущее средство при поносах, как кровоостанавливающее при различных кровотечениях.
Отвар травы назначают при туберкулезе легких, тромбофлебите, желтухе, невралгических болях, как мочегонное и противовоспалительное средство, для полоскания при зубной боли и пародонтозе, как жаропонижающее и стимулирующее при гипотонии, при нарушении обмена веществ. Также отвар рекомендуют для лечения и профилактики раковых опухолей, а настой корневищ - при раке желудка и молочной железы.
Отвар корневищ и настой травы считают средством, тонизирующим работу сердца. Их назначают при удушье, заболеваниях печени, в том числе при холецистите, при гинекологических заболеваниях и как противогриппозное.
Часто назначают при простудных заболеваниях в качестве потогонного.
Траву сабельника болотного добавляют в лесные чаи вместе с другими растениями - она придает напитку не только красивый цвет, но также аромат и приятный вкус.
